我認為層級式與節點式軟件的差異主要是體現在操作環節上，如果說效果簡單，那么兩種模式基本都一樣，因為簡單幾步就出效果了，所以不存在什么操作是否順手，是否便于修改等等問題。
因此我以下的說明中，均指大型復雜效果，例如復雜的三維效果或幾十層上百層的素材合成效果。
節點式的后期軟件，例如Fusion、NUKE等，流程很直觀，方便查找、修改、歸類，節點樹一目了然，每個素材，針對每個素材的處理，每種效果的歸類都可以一眼看到，本來就是很抽象的一種工作，也正是因為有了節點樹，形成了一個輪廓，你才會有了一點概念，才能更清晰有條理的往下工作和修改。
層級式的AE就不太直觀，最起碼你從界面上就無法看清這是怎樣的一個流程。后期合成的原理都是前后層合成的關系，那么AE一層層的概念視乎很合理，但當你真正做合成工作時，你會發現各種素材之間會有相互的關聯或影響，比如遮罩，一個或多個素材都可以使用同一個遮罩，這種交叉使用在AE中很難被一眼看出來，你只有通過先看那個素材有遮罩層，在從遮罩層中看內容或名字，最后才能知道一個遮罩到底給了那些素材層。
后期合成中這種素材交叉影響的時候很多，原則上說，總的依據確實是一層層的關系，但層與層之間的糾結是避免不了的，因此節點樹的分布，會很清楚的讓你看到所有素材直接的相互關系，這方便制作，也方便修改，同時也方便別人修改查看你的文件。
如果把軟件擬人化，那么節點式的軟件是那種性格開朗的人、豁達、熱情、開放。他會主動接近你，向你敞開心扉說明一切。
而層級式的AE則是內向的人，不善言談，不擅表達，需要你主動接近他，主動了解詢問才能了解一切。
也許比喻不恰當，但我說的大概就是這個意思。
當然，也可以理解為這是一種工作習慣的問題，畢竟我身邊就有只能用慣AE，而不喜歡用其他合成軟件的人，可能在最初接觸后期的時候，選擇了AE，也沒有多想，一直就使用AE，時間長了，習慣了AE的工作方式，自然也就接受了。
而像我這種，在初期就無法接受的人，自然就會排斥，所以選擇其他合成軟件了。
至于為什么選擇節點式或層級式，我個人還有一種看法是。
一般習慣理性思維的人，比如喜歡邏輯順序的人，或者干脆說對理科感興趣的人吧，多半都是喜歡節點式的。
而一般比較感性的人，例如文科或搞美術的人，則不太會看重那種模式，或許他們覺得這就是一個軟件，用那個都一樣，根本就沒有什么流程清晰，方便操作這一說法，無論那個，用習慣了都一樣。
回想一下之前的同事，用AE很好的那個，確實以前是學美術的，而那種凡是討厭AE的確實都是理科出身的，大部分都有能力寫腳本代碼的人。
最后是對于功能來說的，我認為NUKE等與AE相比
AE更適合去處理素材效果，比如使用各種插件讓你的素材更漂亮，或做出各種炫酷的效果，AE對素材的處理永遠是第一位的，因此非常適合個人用戶，適合獨立或小型項目。
而NUKE之類的軟件更適合去合成素材，將各種素材組合到一起，所以流程把控永遠是第一位的，因此很適合團隊用戶，大型項目中的后期合成，基本都是NUKE之類的。
我也聽過另外一種說法是
做大型動畫片或影視特效，里面的特效效果比較看重質感，說的俗點就是大氣或有深度，因此使用三維軟件或實拍來獲取素材，這樣后期合成僅是對素材做基本處理即可合成，不需要在后期中制作出素材或做過多的處理。
而欄目包裝、片頭或某些影視效果中并不需要太復雜的特效，大部分都是瑣碎效果的組合，因此適合在AE中去制作或處理。
我個人也比較贊成這種說法。
另外，我們在看軟件介紹的時候，提到AE的多半是特效合成軟件，提到NUKE等多半是后期合成軟件。
因此AE偏重制作或處理素材效果，其次是合成。
NUKE等節點式的偏重合成素材，其次是制作或處理素材效果。
關于節點式與層級式，我還有一點想說，
在三維軟件中，我個人是比較看好Houdini的，他完全是節點式的軟件（我比較懶惰也沒精力去學習他，我只是有點了解）
據說Houdini在構建某種效果的時候，其節點樹允許你在任何地方替換節點而不改變整體效果，比如你對某個模型做了特殊效果處理，最后發現要換模型，那么Houdini允許你替換模型而保障效果仍然作用在替換的模型上，對于這一點，MAX和MAYA則望塵莫及。
當然，我的理解可能比較片面，不過你可以去參考其他軟件是什么樣的，比如應用在《阿凡達》里的流體軟件Naiad
還有流體軟件Realflow，在早期版本中Realflow有的應該是類似層級的關系，不過在現在的新版本中，已經全換了節點式的制作方式了。
所以我認為節點式的軟件主要有兩個優勢
一是注重流程的把控，很嚴謹，邏輯性很強，無論效果多么復雜，可根據節點樹找出各個環節的相互關系，直觀而且有效率，這樣可保障制作者有個清晰的思路去制作效果。
二是方便修改，單一環節出現問題，那么僅針對這一環節進行處理即可，也方便操作，并且盡量避免因某一環節出錯，而導致整個效果需要重做的風險。
